La VIe Grande Guerre Ninja n'est plus qu'un lointain souvenir et la paix s'est installée. Mais un ennemi ressemblant étrangement à Kaguya fait son apparition et s'attaque à Killer Bee... Sasuke enquête dans l'ombre et rentre pour prévenir Naruto du danger !À Konoha, on prépare l'examen des ninjas pour passer ninja de moyenne classe. Boruto, le fils de Naruto, doit y participer en compagnie de Sarada et de Mitsuki. Boruto demande alors à Sasuke, le compagnon d'armes de son père, de le prendre comme disciple...